Viele der in Deutschland heimischen Flechten werden laut „Roter Liste“ mindestens als gefährdet eingestuft.

Laut „Rote Liste“ sind von den 1287 Flechtenarten in Baden-Württemberg:

• 158 Arten (12,3%) können nicht bewertet werden, da zu wenig über diese Arten bekannt sind
• 417 Arten (32,4%) können als ungefährdet gelten;
• 62 Arten (4,8%) stehen auf der Vorwarnliste,
• 135 Arten (10,5%) sind gefährdet,
• 95 Arten (7,4%) sind stark gefährdet,
• 209 Arten (16,2%) sind vom Aussterben bedroht;
• 62 Arten (4,8%) sind extrem selten, zur Zeit nicht sichtbar gefährdet, stehen aber auf Grund ihrer Seltenheit unter dem Risiko, zu verschwinden.
• 149 Arten (11,6%) sind mit Sicherheit ausgestorben bzw. seit mehr als 30 Jahren nicht mehr registriert worden.